法務部說明扁案
1.未起訴前被告或犯罪嫌疑人被收押是違反人權？
任何運作機制完備之司法制度，基於保護社會治安、國民安全、及刑案之妥適處理，都必須建立對尚未判決確定前之刑事被告或犯罪嫌疑人採取審判前羈押之作為。日本、德國、美國都有相關的法律規定。
我國關於羈押被告之程序，在刑事訴訟法第101-121條有明確規定。任何人被收押之程序，均無不同，偵查中(審判前)之羈押，係由檢察官提出聲請，經法院(法官一人或三人組成)受理，訊問及告知被告及其辯護人後，由法院裁判應否羈押。法院裁定准許檢察官之聲請，被告對裁定不服得自行或委託辯護人向上級法院提起抗告。至於審判中，如被告有羈押之必要，法院亦得不待檢察官聲請，主動收押被告。
羈押程序是法律規定之標準作業程序，法律之前人人平等，我國刑事訴訟法未為任何人設有例外規定。
2、陳前總統涉嫌貪汚案偵辦，是否係政黨輪替後之選擇性辦案？
陳前總統國務機要費案，在其總統第二任內，已被檢察官蒐集到貪污之犯罪證據，起訴相關官員及陳前總統夫人，並在起訴書指明因總統有憲法保護，於其離職後才得追訴。
陳前總統涉嫌之貪污罪嫌，是在其自己任期內所為。其涉嫌犯罪於離職後始被偵辦，是憲法規定所致。
3、收押陳前總統並上手銬，是對陳前總統之不尊重或政治報復？
對收押被告上手銬，是戒護安全作業之標準程序，並非對陳前總統不尊重或政治報復。另於陳前總統稱其被法警打傷要求進台大醫院看病，法官及檢察官均陪同前往，在無外傷下因輕微之二頭肌扭傷而未再上手銬，更顯示對陳前總統並無不尊重或政治報復之情事。
4、收押陳總統是要給大陸訪客陳雲林一個「禮物」？
這二件事互不相干。
我國司法獨立，檢察官偵查、起訴及法院審判，不受干涉，有法律保障之獨立空間。
5、監禁陳前總統在看守所，以致陳前總統絕食抗議，是否侵害其人權？
陳前總統就所涉嫌貪污案，依法應在刑事訴訟程序內積極辯護、主張有利證據，在法定訴訟程序中主張自己的權益，才是正辦。在程序外，以絕食之政治訴求，冀望檢察官及法院改變做法，或是號召群眾，產生政治影響，並非面對司法的常態。因為檢察官及法院，依法只得在刑事訴訟程序中，進行法院、檢察官及辯護人之三方互動。
6、政黨輪替後之國民黨新政府是否利用司法，清算民進黨曾擔任政府要職之政治人物？
我國憲法權力分立制衡之設計，行政不可能控制司法。行政部門與司法體系間僅有基於政治制度上之互動，在個別刑案之偵查及審判不可能有所互動，且干涉個案是不被允許的。
現行之法院及檢察署係延續民進黨政府時之法院及檢察署。至於偵辦陳前總統貪污刑案之最高法院檢察署特別偵查組，是在陳前總統任內組成，檢察總長係陳前總統提名及立法院同意後所產生。我國司法制度在面臨政治人物涉及貪污刑案時，只問是否有充足之證據、不為任何政治之考量。
7、民進黨政治人物陸續被收押，而國民黨人士較少，是台灣民主及刑事司法公平程序之倒退？
民進黨執政係介於2000年5月至2008年5月之間，所以偵辦過去八年的政府官員貪污案件，很自然地民進黨的政府官員較有機會牽涉其中。我國司法官不會選擇性辦案，民眾也應摒除司法官在處理陳前總統案件時，會有違反司法程序之疑慮。
8、台灣司法不獨立，知識份子追求功利，司法僅是反映政治惡鬥？
我國憲法權力分立制衡之設計，行政不可能控制司法。行政部門與司法體系間僅有基於政治制度上之互動，在個別刑案之偵查及審判不可能有所互動，且干涉個案是不被允許的。因此說司法不獨立、或說司法反映政治惡鬥，是沒有事實基礎的。
9、為維護台灣司法形象，台灣檢方應儘快起訴被收押官員？
依我國刑事訴訟法規定，偵查中之羈押，裁定羈押一次之期間為2個月，只得延長一次，所以檢方一旦聲請羈押經法院准許，必須在二或四個月期間內決定起訴移送法院，不然被押人將被釋放。所以一旦被告被羈押，刑案一般將在二個月或四個月內起訴。
10、馬政府疑以追究前朝官員醜聞以轉移民眾不滿？
沒有人能說追究前政府官員醜聞就可以移轉人民不滿。其次，就司法論司法，就證據論證據，如果確有不法情事，司法就應追究。這就是司法獨立的精神。
11、民進黨前內政部長余政憲、行政院前秘書長邱義仁、環保署前副署長李界木及兩位縣市長被收押，國民黨政府似有重回戒嚴時期之獨裁？
被告被收押之刑事訴訟程序，已如前述。台灣已歷經兩次政黨輪替，民主價值在人民心中根深蒂固，沒有任何一個政黨能回到過往年代。也因為如此，沒有一個政黨或是政治人物，能把貪污案件轉換成政治案件。
12、為何陳前總統涉案情節不斷外洩，是否檢方或馬政府故意將資料提供媒體？
馬政府並非辦案機關，無法掌控刑案證據資料。
特偵組檢察官及相關人員必須遵守偵查不公開之規定，如在起訴前有洩漏不得公開之證據及相關資料，是違法的，應受懲處。
至於媒體如何取得新聞，在民主國家媒體有新聞自由之保護，如無案情洩漏管道可供追查之明確證據，政府不可對媒體採取蒐證動作。
任何運作機制完備之司法制度，基於保護社會治安、國民安全、及刑案之妥適處理，都必須建立對尚未判決確定前之刑事被告或犯罪嫌疑人採取審判前羈押之作為。日本、德國、美國都有相關的法律規定。
我國關於羈押被告之程序，在刑事訴訟法第101-121條有明確規定。任何人被收押之程序，均無不同，偵查中(審判前)之羈押，係由檢察官提出聲請，經法院(法官一人或三人組成)受理，訊問及告知被告及其辯護人後，由法院裁判應否羈押。法院裁定准許檢察官之聲請，被告對裁定不服得自行或委託辯護人向上級法院提起抗告。至於審判中，如被告有羈押之必要，法院亦得不待檢察官聲請，主動收押被告。
羈押程序是法律規定之標準作業程序，法律之前人人平等，我國刑事訴訟法未為任何人設有例外規定。
2、陳前總統涉嫌貪汚案偵辦，是否係政黨輪替後之選擇性辦案？
陳前總統國務機要費案，在其總統第二任內，已被檢察官蒐集到貪污之犯罪證據，起訴相關官員及陳前總統夫人，並在起訴書指明因總統有憲法保護，於其離職後才得追訴。
陳前總統涉嫌之貪污罪嫌，是在其自己任期內所為。其涉嫌犯罪於離職後始被偵辦，是憲法規定所致。
3、收押陳前總統並上手銬，是對陳前總統之不尊重或政治報復？
對收押被告上手銬，是戒護安全作業之標準程序，並非對陳前總統不尊重或政治報復。另於陳前總統稱其被法警打傷要求進台大醫院看病，法官及檢察官均陪同前往，在無外傷下因輕微之二頭肌扭傷而未再上手銬，更顯示對陳前總統並無不尊重或政治報復之情事。
4、收押陳總統是要給大陸訪客陳雲林一個「禮物」？
這二件事互不相干。
我國司法獨立，檢察官偵查、起訴及法院審判，不受干涉，有法律保障之獨立空間。
5、監禁陳前總統在看守所，以致陳前總統絕食抗議，是否侵害其人權？
陳前總統就所涉嫌貪污案，依法應在刑事訴訟程序內積極辯護、主張有利證據，在法定訴訟程序中主張自己的權益，才是正辦。在程序外，以絕食之政治訴求，冀望檢察官及法院改變做法，或是號召群眾，產生政治影響，並非面對司法的常態。因為檢察官及法院，依法只得在刑事訴訟程序中，進行法院、檢察官及辯護人之三方互動。
6、政黨輪替後之國民黨新政府是否利用司法，清算民進黨曾擔任政府要職之政治人物？
我國憲法權力分立制衡之設計，行政不可能控制司法。行政部門與司法體系間僅有基於政治制度上之互動，在個別刑案之偵查及審判不可能有所互動，且干涉個案是不被允許的。
現行之法院及檢察署係延續民進黨政府時之法院及檢察署。至於偵辦陳前總統貪污刑案之最高法院檢察署特別偵查組，是在陳前總統任內組成，檢察總長係陳前總統提名及立法院同意後所產生。我國司法制度在面臨政治人物涉及貪污刑案時，只問是否有充足之證據、不為任何政治之考量。
7、民進黨政治人物陸續被收押，而國民黨人士較少，是台灣民主及刑事司法公平程序之倒退？
民進黨執政係介於2000年5月至2008年5月之間，所以偵辦過去八年的政府官員貪污案件，很自然地民進黨的政府官員較有機會牽涉其中。我國司法官不會選擇性辦案，民眾也應摒除司法官在處理陳前總統案件時，會有違反司法程序之疑慮。
8、台灣司法不獨立，知識份子追求功利，司法僅是反映政治惡鬥？
我國憲法權力分立制衡之設計，行政不可能控制司法。行政部門與司法體系間僅有基於政治制度上之互動，在個別刑案之偵查及審判不可能有所互動，且干涉個案是不被允許的。因此說司法不獨立、或說司法反映政治惡鬥，是沒有事實基礎的。
9、為維護台灣司法形象，台灣檢方應儘快起訴被收押官員？
依我國刑事訴訟法規定，偵查中之羈押，裁定羈押一次之期間為2個月，只得延長一次，所以檢方一旦聲請羈押經法院准許，必須在二或四個月期間內決定起訴移送法院，不然被押人將被釋放。所以一旦被告被羈押，刑案一般將在二個月或四個月內起訴。
10、馬政府疑以追究前朝官員醜聞以轉移民眾不滿？
沒有人能說追究前政府官員醜聞就可以移轉人民不滿。其次，就司法論司法，就證據論證據，如果確有不法情事，司法就應追究。這就是司法獨立的精神。
11、民進黨前內政部長余政憲、行政院前秘書長邱義仁、環保署前副署長李界木及兩位縣市長被收押，國民黨政府似有重回戒嚴時期之獨裁？
被告被收押之刑事訴訟程序，已如前述。台灣已歷經兩次政黨輪替，民主價值在人民心中根深蒂固，沒有任何一個政黨能回到過往年代。也因為如此，沒有一個政黨或是政治人物，能把貪污案件轉換成政治案件。
12、為何陳前總統涉案情節不斷外洩，是否檢方或馬政府故意將資料提供媒體？
馬政府並非辦案機關，無法掌控刑案證據資料。
特偵組檢察官及相關人員必須遵守偵查不公開之規定，如在起訴前有洩漏不得公開之證據及相關資料，是違法的，應受懲處。
至於媒體如何取得新聞，在民主國家媒體有新聞自由之保護，如無案情洩漏管道可供追查之明確證據，政府不可對媒體採取蒐證動作。
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